D3126次動車沿途?？苛?4個站點，起始站是深圳北，終點站是南京。途經的站點有惠州南、陸豐、潮陽、潮汕、云霄、廈門北、泉州、莆田、福州南、連江、福安、霞浦、鰲江、瑞安、溫州南、樂清、溫嶺、寧波、余姚北、紹興北、杭州東、余杭、嘉興南、嘉善南、上海虹橋、昆山南、陽澄湖、蘇州、無錫、常州、丹陽、鎮江和南京。

D3126次列車是一趟從深圳北開往南京的動車。全程行駛距離為1924公里，車次的始發時間是07：10，預計在21：16到達南京站。整個行程需要耗時14小時6分鐘。