南陽東站與南陽站在以下方面存在差異：位置、投入使用時間、建筑面積和車站等級。

首先，南陽東站位于河南省南陽市宛城區茶庵鄉洪營自然村，而南陽站則位于河南省南陽市臥龍區鐵東街3號。這兩個車站地理位置不同，分屬不同的行政區域。

其次，南陽東站于2018年3月開始主站房的建設，最終在2019年12月1日投入使用；而南陽站則始建于1970年，直到2018年12月26日新站房才開始投入使用。這意味著南陽東站相對較新，而南陽站則具有更長的歷史。

另外，南陽東站的建筑面積達到了50680平方米，其中候車廳占據了39916平方米；而南陽站的建筑面積則只有11999平方米。南陽東站的建筑面積相對較大，能夠容納更多的乘客和提供更多的服務設施。

最后，南陽站是中國鐵路鄭州局集團有限公司南陽車務段管轄的一等站，而南陽東站則是尚未評級的普通站。這表示南陽站在鐵路系統中的等級更高，可能擁有更多的服務和設施。

綜上所述，南陽東站和南陽站在位置、投入使用時間、建筑面積和車站等級上存在差異。這些差異使得兩個車站在功能和服務上可能會有所不同。