畢業論文在引用參考文獻時，需要確保引文內容與被引論文的內容一致，并且正文中的參考文獻序號與文末的文獻序號保持一致。不同類型的參考文獻引用格式略有不同，例如期刊類的引用格式為：【格式】[序號]作者.篇名[J].刊名，出版年份，卷號（期號）：起止頁碼。

具體操作步驟如下：
1. 對于列出已發表的有影響的參考文獻，一般不要引用未發表的數據、摘要、論文或其他間接材料。如果確實需要引用這類材料，可以將其用括弧標注出來。對于已被接受、將要發表的論文，可以引用，但需要在將發表該論文的期刊名后注明“/npress”或“Forthcoming”（即將出版）。

2. 在投稿之前，應該仔細檢查所引用文獻的原始出處，并核對參考文獻部分。在投稿被接受后，還需要對校樣進行再次檢查。有經驗的圖書管理員知道，論文中常常出現參考文獻方面的錯誤。

3. 在檢查過程中，需要確保論文正文中引用的文獻都列在參考文獻部分中，并且確保參考文獻部分列出的文章都在正文中被引用到。這樣可以保證引用的準確性和完整性。