大花金雞菊常見蟲害包括蚜蟲、地老虎和蠐螬。蚜蟲常集中在嫩芽、嫩葉、嫩枝上刺吸植株的汁液，導致受害部位萎縮變形，還會分泌蜜露污染植株并引發其他病害。對于防治蚜蟲，可以用萬靈600～800倍液或25％魚藤油速撲殺800～1000倍液進行噴殺。速撲殺是一種有機磷殺蟲劑，具有廣譜性和觸殺、胃毒、強滲透作用，可以滲入植物組織內，對于咀嚼式和刺吸式口器害蟲具有良好的防治效果。每周噴一次，連續進行2～3次。

地老虎是常見的大花金雞菊蟲害之一，尤其在砂質土壤中比較嚴重。早春時，地老虎會危害根芽，有些會咬斷根莖，有些會從地下啃食萌芽，導致植株大片死亡。為了防治地老虎，除了常用的毒液誘殺外，還可以使用呋喃丹顆粒進行溝施或穴施。每畝使用量為1500-2000克。呋喃丹顆粒的殘效期較長，施藥后7-8周可以有效防止危害的發生。

蠐螬是金龜甲的幼蟲，它是一種多食性害蟲，危害多種植物和蔬菜。其中植食性蠐螬對于農作物、經濟作物和花卉苗木的危害較大，喜食剛播種的種子、根、塊莖和幼苗。為了防治蠐螬，大花金雞菊的播種苗出苗后需要密切觀察，以免蠐螬啃食小苗的莖桿。為減輕蠐螬的危害，可以適當調整茬口，并進行合理施肥。施用的農家肥應充分腐熟，以免將蠐螬幼蟲和卵帶入菜田，并且能促進作物強壯生長，增強耐害能力。此外，蠐螬喜食腐熟的農家肥，可以減輕其為害程度。另外，可以使用50%辛硫磷乳油拌種，按照辛硫磷、水和種子的比例1：50：600進行，以防患于未然。