馬克筆和水彩筆在筆頭上有明顯的不同。一般而言，馬克筆的筆頭呈現扁平的形狀，而水彩筆的筆頭則是圓形的。

這兩種筆的類型也不盡相同。馬克筆分為水性和油性兩種類型，而水彩筆則只有一種類型，即水性。

在疊色方面，馬克筆具有疊色的能力，可以通過疊加顏色混合創造出新的色彩效果。然而，水彩筆并不具備這一能力，無法實現顏色的疊加效果。此外，相對于水彩筆，馬克筆更加容易上色，上色效果更加飽滿。

就產品而言，馬克筆大部分都可以單獨購買，而水彩筆則通常以盒裝的形式銷售，盒裝中包含12色、24色或36色不等。