從2015年3月開始，海員可以個人身份申辦海員證。然而，大多數海員仍然選擇通過單位辦理海員證，這導致了一定的費用產生，最少需要支付200元。如果海員個人辦理海員證，有些海事局要求戶口所在地的派出所出具無犯罪證明，這會增加時間和交通成本。此外，辦理海員證（換發新證）時必須同時擁有有效的健康證書。由于海員的健康證書有效期為兩年，經常會出現健康證書失效的情況，此時海員需要提前進行體檢以更換海員證。由于當前航運形勢不佳，等到需要上船的時候，海員的健康證書有效期往往不足合同期的時間（即6～8個月），因此海員需要重新體檢，這使得更換海員證變得復雜且涉及費用。