嶺南通在深圳無法使用，然而通過與深圳通的合作，現在推出了一種新的卡片，名為“嶺南通·深圳通”。持有這張卡片的用戶可以在深圳地鐵和公交車上使用，并且可以在所有支持嶺南通支付的商家進行購物和消費。也就是說，原來的嶺南通不能直接在深圳使用，需要額外購買“嶺南通·深圳通”才能在深圳使用。